Construite fin XIXe - début XXe, sur les ruines d’une église byzantine préexistante mais plus petite, l’église Agia Napa se trouve dans la rue Agiou Andreou.

À en croire les récits traditionnels, l’église dédiée à la Vierge Marie, fut nommée ainsi, suite à la découverte dans un vallon boisé («napa» en latin) d’une icône la représentant. D’autres sources affirment que l’église doit son nom à un temple construit au cours de la domination franque, dédié à la Voile de Sainte Véronique, connu sous le nom de «Sainte Napa»,  d’où Agia Napa, «Agia» signifiant Sainte en grec.

Achevée en 1906, l’église dans sa configuration actuelle possède trois nefs avec une iconostase en marbre et comporte des fresques ornant, principalement, la coupole. Elle comprend également une icône de la Sainte Vierge d’Agia Napa plaquée argent.